Les principales caractéristiques d'une eau sont le pH et les duretés (totale et carbonatée).
Pour leur bonne santé, il est souhaitable que les poissons, qui proviennent d'un biotope bien défini, retrouvent dans l'eau de leur bac une eau dont les paramètres (température, teneur en oxygène, pH, duretés... ) ne différent pas trop de celle de leur milieu d'origine. Il en est de même des plantes.
Les déchets, entre autres les excédents de nourriture, sont l'objet d'un processus chimique qui les transforment successivement en nitrites ( très toxiques ) et en nitrates ( absorbables en partie par les plantes). Ce processus, appelé le cycle de l'azote, est indispensable pour le maintien en vie des poissons. Il se déroule principalement dans le filtre, accessoire quasiment obligatoire. Comme les nitrates ne sont que partiellement consommés par les plantes, il convient de procéder à des changements d'eau pour éviter leur accumulation car, à concentration élevée, ils sont, eux aussi, toxiques.

Enfin l'eau apporte un ensemble de substances, sous forme de traces, oligo-éléments, elles aussi nécessaires.

Ces notions sont plus longuement explicitées dans la partie dédiée à la chimie de l'eau de FAQ